Emiel Van Averbeke wordt opgeleid aan de Antwerpse academie tussen 1888 en 1894, maar voltooit die studie niet. Hij loopt stage bij architect Emile Thielens, samen met zijn academievriend Jan Van Asperen. Daarna voltooit Emiel zijn architectuurstudie niet, maar schrijft zich in als tekenaar in 1892. Dat is het jaar waarin hij op het bureau van Thielens gaat werken, waaraan hij tot 1899 verbonden blijft. In die tijd krijgt hij interesse voor de art nouveau-stromingen van Brussel en Glasgow, waar Charles Rennie Mackintosh de toonaangevende ontwerper is. Ook Van Averbeke zelf gaat meubels en juwelen ontwerpen en boekverluchtingen voor de Antwerpse progressieve kunstkring De Scalden. In 1899 start hij zijn eigen architectenpraktijk, aanvankelijk in samenwerking met zijn schoonbroer Willem Diehl, een Nederlandse architect. Vanaf 1905 ruilt Van Averbeke het onzekere architectenbestaan in voor de vaste betrekking van ambtenaar bij de Antwerpse Stedelijke Dienst voor Gebouwen, die door stadsarchitect Alexis Van Mechelen wordt geleid. Hij begint daar als tijdelijk controleur, doorloopt de hele hiërarchie en wordt in 1920 zelf benoemd tot stadshoofdbouwmeester van Antwerpen. Na aan de algemene herstellingswerkzaamheden na de Eerste Wereldoorlog te hebben meegewerkt, start in 1926 onder zijn leiding de restauratie van de grote toren van de Antwerpse Onze-Lieve-Vrouwekathedraal. In 1929 krijgt hij van het stadsbestuur een speciale vergunning om mee te werken aan het Torengebouw van de Algemeene Bankvereeniging en de vergroting van de Grand-Bazar met het art deco-gedeelte aan de Schoenmarkt. Voor wat betreft het Torengebouw lijkt hij vooral als een soort adviseur en waakhond van het stadsbestuur te fungeren naast Vanhoenacker. In 1930 ontwerpt Emiel Van Averbeke het stadspaviljoen voor de Wereldtentoonstelling in Antwerpen en verder heeft hij de ventilatiegebouwen van de Scheldetunnels (Waaslandtunnel voor auto's, Sint-Annatunnel voor voetgangers) in 1933 op zijn naam staan. Vooral die van de voetgangerstunnel zijn bekend, want daarin zijn ook de roltrappen en de liften die toegang geven tot de tunnel opgenomen. Vlak voor de Tweede Wereldoorlog maakt Van Averbeke plannen voor de restauratie van het Rubenshuis, die tijdens de oorlog onder zijn leiding wordt uitgevoerd. In 1945 wordt hij dan ook benoemd tot conservator van het daarin geopende museum. Na zijn dood op 1 februari 1946 krijgt hij een officiële stadsbegrafenis op het Schoonselhof.